Pejabat Kemajuan Negeri (PKN) telah wujud semenjak 14 Oktober 1969. Pada peringkat awal penubuhannya, pejabat ini telah diletakkan di bawah Kementerian Pembangunan Negara dan Luar Bandar (KPNLB). Apabila Dasar Ekonomi Baru (DEB) dilancarkan pada tahun 1970, sebuah unit telah ditubuhkan pada tahun 1971 yang dikenali sebagai Unit Penyelarasan, Pelaksanaan dan Penilaian (Implementation,Coordination and Evaluation Unit – ICEU). Pejabat Kemajuan Negeri (PKN) diletakkan di bawah Unit ini.
Pada tahun 1972, ICEU telah digabungkan dengan Unit Kemajuan Pentadbiran (Development Administration Unit – DAU) dan dikenali sebagai Unit Penyelarasan, Pelaksanaan dan Kemajuan Pentadbiran (Implementation, Coordination and Development Administration Unit – ICDAU). Apabila urusan kemajuan pentadbiran dipindahkan ke Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA), Unit ini dikenali sebagai Bahagian Penyelarasan Pelaksanaan dan kemudian ditukar kepada Unit Penyelarasan Pelaksanaan (UPP) di bawah Jabatan Perdana Menteri. Dengan pelancaran DEB pada tahun 1970, Kerajaan telah menubuhan Majlis Tindakan Negara (MTN) di peringkat Persekutuan. Strategi serampang dua mata DEB ialah untuk membasmi kemiskinan dan menyusun semula masyarakat. Peranan utama MTN ialah untuk mengesan, menyelaras dan memastikan program-program dan projek-projek pembangunan yang dirancang, dilaksanakan dengan sempurna dan berjalan lancar berdasarkan Arahan No. 1 Tahun 1971.
Dasar Pembangunan Nasional (DPN) telah dilancarkan pada tahun 1991 menggantikan DEB. Arahan No. 1 Tahun 1991, Jentera Penyelarasan Pelaksanaan Dasar Pembangunan Nasional telah dikeluarkan oleh Y.A.B. Perdana Menteri bagi menggantikan Arahan No. 1 Tahun 1971. Matlamat utamanya ialah untuk mewujudkan jentera penyelarasan pelaksanaan, pengesanan dan pengawasan bagi menentukan pelaksanaan rancangan di bawah DPN selepas 1991 dapat dicapai. Arahan ini telah sekali lagi dipinda pada tahun 1996 dengan keluarnya Arahan No. 1 1996. Arahan ini menerangkan mengenai mekanisme jentera pelaksanaan DPN. Pada tahun 2001, Arahan ini telah dipinda selaras dengan Dasar Wawasan Negara dan dikeluarkan sebagai Arahan No.1, 2001, Majlis Tindakan Negara selaras dengan pelancaran Program Transformasi Kerajaan (GTP), Program Transformasi Ekonomi (ETP), Model Baru Ekonomi (MBE), Arahan No. 1 2001 telah dipinda menjadi Arahan No. 1 2010, Majlis Tindakan Negara, bertujuan memantapkan jentera penyelarasan dasar dan program/projek pembangunan negara bagi merealisasikan matlamat Kerajaan untuk menjadikan Malaysia sebuah negara maju dan berpendapatan tinggi menjelang tahun 2020.
Pengesanan rancangan pembangunan negara diteruskan dengan menggunakan sistem komputer yang lebih canggih di Bilik Gerakan Negara (BGN). Bilik tersebut berkonsepkan bilik operasi perang bagi meneruskan matlamat DEB melalui DPN bagi membasmi kemiskinan dan menyusun semula masyarakat. UPP terus diberi peranan oleh Kerajaan untuk melaksanakan tugas ini. Tugas utama UPP ialah untuk menentukan sistem penyampaian (Delivery System) dasar, program dan projek yang telah dirancang berjalan secara cekap dan berkesan supaya faedahnya dapat dinikmati oleh masyarakat untuk mencapai matlamat pembangunan nasional.
Pada 1 Jun 1999 dengan rasminya UPP telah beroperasi di kompleks Pejabat Perdana Menteri di Putrajaya iaitu Pusat Pentadbiran Persekutuan yang baru. UPP merupakan salah satu jabatan kerajaan yang pertama berpindah di Putrajaya. Perpindahan ini juga merupakan satu pendekatan kepada perlaksanaan Kerajaan Elektronik dan seterusnya menjadi pemangkin kepada kejayaan projek Multimedia Supercorridor.